Tanszéki konzulens: 

Péter Szántó mesteroktató Szoba: IE336 Tel.: +36 1 463-2066 Email: szanto (*) mit * bme * hu

A gyógyszeriparban folyamatosan emelkedik az új molekulák kifejlesztésének költésge, ezáltal előtérbe kerültek a számítástechnikai szimulációk és előszűrések. Egy fontos feladat a már ismert tulajdonságú molekulához hasonló szerkezeti felépítésű molekulák keresése (ligand-alapú virtuális szűrés). A molekulák jellemzésére tipikusan ún. ujjlenyomatokat használnak, s két molekulát akkor tekintünk hasonlónak, ha az ujjlenyomatuk alapján generált hasonlósági mérőszám (tipikusan a Tanimoto távolság) megfelelően kicsi.

Számítástechnikai szempontból a feladat egyszerűen megfogalmazható: a cél két molekula ujjlenyomat adatbázisban a molekulák páronkénti összehasonlítása (azaz a hasonlósági mérőszám kiszámítása), majd a küszöbértéknek megfelelő párok kiválogatása.

A feladat célja a virtuális szűrést gyorsító, PCIe gyorsító kártya megvalósítása Logsys Kintex-7 fejlesztői kártya használatával. A feladat részei:

• PC <-> FPGA PCIe interfész megvalósítása Xilinx gyári core és driver használatával. Az interfésznek a lehető legnagyobb adatátviteli sebességet kell támogatnia.
• DDR3 memória interfész megvalósítása a Xilinx MIG használatával.
• Olyan, a virtuális szűrést megvalósító hardver struktúra megvalósítása HDL nyelven, amely jól illeszkedik a DDR3 memória által igényelt hetékony hozzáférési mintához.